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Le processus comprend plusieurs étapes :

Nettoyage : Séparation des impuretés via des cribles vibrants et des aspirateurs.
Décortication (optionnel) : Retrait des enveloppes pour améliorer l'efficacité de l'extraction.
Floconnage : Émincage des graines en fines lamelles pour augmenter la surface de contact.
Tostage : Chauffage modéré (60-80 °C) pour faciliter l'extraction.
Extraction : Utilisation de solvants (généralement l'hexane) pour extraire 95-98 % de l'huile, ou pression mécanique pour les huiles cold-pressed.
Désolvantation : Élimination du solvant par chauffage sous vide.

L'huile brute contient des impuretés : phospholipides (gommes), acides gras libres, pigments (carotènes) et composés odorants. Elle est instable et a un goût fort. L'huile raffinée subit un processus de purification :
Dégommage : Élimination des phospholipides avec de l'eau ou des acides.
Neutralisation : Utilisation de soude pour réduire les acides gras libres.
Blanchiment : Adsorption des pigments avec de l'argile activée.
Déodorisation : Suppression des composés odorants par vapeur sous vide.
Le résultat est une huile claire, inodore, stable et adaptée à la cuisson.

L'hexane, solvant le plus utilisé, est inflammable et toxique. Les usines doivent mettre en œuvre des systèmes de récupération efficace (jusqu'à 99,5 % du solvant) pour réduire les pertes et les risques d'explosion. Des équipements hermétiques et des systèmes de ventilation spécialisés préviennent les émissions dans l'air. De plus, les eaux usées contenant des traces de solvant doivent être traitées avant rejet, conformément aux réglementations environnementales (ex. REACH en Europe).

Le principal sous-produit est le tourteau de soja, résidu après extraction de l'huile, riche en protéines (45-50 %). Il est utilisé comme complément alimentaire pour le bétail, la volaille et l'aquaculture. Les enveloppes des graines (coques) peuvent être utilisées comme combustible ou comme additif dans les engrais organiques. Les phospholipides extraits lors du dégommage sont transformés en lécithine de soja, utilisée dans l'industrie alimentaire comme émulsifiant.

Les normes varient selon les pays, mais incluent généralement :
Limites strictes sur les résidus de solvants (moins de 50 ppm dans l'Union européenne).
Contrôle des aflatoxines et des mycotoxines (inférieures à 2 ppb).
Teneur en acides gras trans limitée (généralement < 2 %).
Absence de contaminants métalliques (plomb, cadmium < 0,1 ppm).
Les usines doivent également respecter les bonnes pratiques de fabrication (GMP) et être certifiées par des organismes comme ISO 22000 ou FSSC 22000.

Les pratiques durables incluent :
Utilisation de graines de soja certifiées (ex. RSPO pour les oléagineux durables).
Récupération de l'énergie des procédés (chaleur de déshydratation pour le tostages).
Traitement des eaux usées par des procédés biologiques pour réduire la pollution.
Utilisation de solvants renouvelables ou de technologies sans solvant (pression à froid).
Recyclage des déchets (tourteau comme matière première pour les bioplastiques).

La technologie numérique apporte plusieurs améliorations :
Contrôle automatisé : Capteurs et régulateurs informatiques maintiennent des températures et des pressions précises pendant l'extraction et le raffinage.
Analytique en temps réel : Spectromètres mesurent la qualité de l'huile en ligne, permettant des ajustements immédiats.
Gestion des stocks : Logiciels de suivi optimisent l'approvisionnement en graines et la distribution des produits finis.
Prédiction de maintenance : Algorithmes analysent les données des machines pour prévoir les pannes et réduire les temps d'arrêt.
Ces innovations améliorent l'efficacité, la qualité et la traçabilité de la production.